@ignelnatsu
Minato le dijo a Naruto que Sandaime no le habia dicho a Naruto nada de su procedencia por que querian protegerlo de que posibles enemigos de Minato lo atacaran, mas esa no fue la razon por la que no le pusieron el apellido Namikaze. La razon es como explica mas arriba
@churrinfunflais que el apellido
Uzumaki tenia mas peso y jerarquia.
Y el ejemplo de eso como ya te respondieron son los Inuzuka, claro que no sabemos nada del padre de Kiba, quiza este tambien pertenecia al Clan Inuzuka, pero por lo pronto nos dan a entender que que es la madre la que pertenecia al clan.
Sobre los Namikaze, yo creo y espero, que sea una familia comun y sencilla, una familia que dio a luz a un hombre comun sin grandes genes pero con mucho talento, y motivacion para trabajar duro. Minato queria ser Hokage desde niño, sabia que tenia que esforzarse para lograr su cometido. En medio de tantos Shinobis con pasados dramaticos y genes super poderosos. Que un hombre como el haya llegado hasta donde llego, es mas que meritorio. Por eso este personaje a calado hondo en la gente.
Ademas si lo estudias bien eso que insinuas de Minato siendo decendiente directo de el Sabio. Tendria que haberle sido heredado una gran resistencia y capacidad de chakra como Naruto o Kushina. Saludos.