Antes de empezar pongo el link de un tema del usuario
@kiboumaru donde explica el porque el chakra del kyubi que tiene naruto aun no esta completa y que en mi opinión tiene mucha lógica y forma parte importante de mi argumento (demostraría el porque naruto no tiene todo el chakra del kyubi):
submanga.wocial.com/naruto/2092775
Ahora lo que yo pienso en como se va utilizar ese chakra en la guerra:
Esa parte de chakra el kyubi no lo puede recuperar de una manera natural, es igual a las manos de orochimaru aun cuando cambia de cuerpo sus manos no lo recupera porque esta sellado, ahora esa parte viene ser el yin (parte oscura) por lo tanto tal vez no regrese al kyubi sino que formaría otro kyubi, uno completamente malvado, por lo que madara aprovecharía para absorberlo o controlarlo y tener al juubi en un estado casi completo, (generando así la tercera etapa) Ahora porque ese chakra no regresaría ha naruto, porque ahora seria incompatible y difícil de manejar, (naruto tuvo muchos problemas en controlar el poco yin que le quedaba al kyubi y eso que tuvo ayuda de su mamá) por lo que se moldearía ese chakra en otro kyubi al no poder unirse de-nuevo.
Ahora seguro dirán que ese problema no lo tuvo orochimaru, que sus manos se compenetraron con su cuerpo sin problema, pero una cosa es chakra de un ser humano y otro es el del kyubi, el es un ser formado de chakra por lo tanto solo se necesita chakra para formarse de nuevo.
Esa es solo una idea de lo que puede pasar, la otra es que naruto asimile ese chakra sin problema, pero seria algo soso, y se dejaría de lado la parte yin que era la oscuridad del kyubi, (naruto deberia de tener algun problema en manejarlo) aparte aun creo que los demás biiju le dejaron algo de chakra en él y si le sumamos la otra parte del kyubi como que tendremos un naruto con un gran power up, ya demasiado aun para él.
Bueno es mi idea espero que comenten para saber que opinan de ella.